江戸時代。貧しい者たちのために作られた小石川養生所。所長の新出去定（にいで・きょじょう船越英一郎）は、恐れや親しみを込めて「赤ひげ」と呼ばれる。若き医師、保本登（中村蒼）や津川玄三（前田公輝）、田山真一郎（鈴木康介）も交え今日も貧しい者の治療に奮闘中。そんな養生所に新たに、謎めいた若い女・つぐみ（優希美青）がやってきた。女だてらに医術の心得があり、ひねくれた性格から騒動を巻き起こす。そしてつぐみの親と赤ひげには過去に因縁が。ついに、赤ひげの若き日が明らかに…。
そして毎回、赤ひげや医師たちのもとには、つらい事情や秘密を抱えた患者たちがやってくる・・・。