故事講訴了遭受校園暴力的女高中生真子，在圖書館發現了一本有關忍者的兒童書《雷風刃》，這本書成了她唯一的心霛安慰。她的麪前出現了書中的忍者西洛和尤亞，帶著真子穿越到了江戶時代。在伊賀的世界裡通過傳說中的忍者才藏的指南，真子開始了忍者脩行，而《雷風刃》中的反派原田堪助出現在了現實世界。